Система работает на основе нескольких баз данных. Их можно разделить на системные (метаданные) и прикладные (например, данные о пациентах, услугах и пр.).

Любые из этих БД, могут быть разнесены по разным физическим или виртуальным серверам. Данные разных организаций (например, ЛПУ) физически хранятся каждая в своей БД, но система позволят работать с ними «прозрачно» для пользователя, т.е. объединяет в одной выборке данные из нескольких БД, записывает данные в нужную БД не привлекая к этому процессу пользователя и т.д. Например, если смотреть список обращений пациента в различные ЛПУ одной сети, в списке будут все обращения, хотя физически они могут находиться в разных БД в случае, если обращения были осуществлены в разные клиники сети.

В случае, если бизнес-процесс заказчика отличается от базового, возможна тонкая настройка. При этом части метаданных, которые являются специфичными для заказчика будут физически храниться в отдельной БД с настройками.

Система позволяет в целях безопасности или оптимизации выносить в отдельную БД данные одного или нескольких классов. Например — данные пациентов хранятся в отдельной БД, информация, общая для всей сети клиник (список врачей, прайс-лист и т.п.) — также вынесены в отдельную БД.